Diperkirakan bahwa defek primernya adalah kekurangan vitamin D aktif (kalsitrol), sebagai akibat kegagalan mineralisasi terjadilah perlunakan dan perlemahan kerangka tubuh, menyebabkan nyeri, nyeri tekan skelet,dan perlengkungan tulang sertakarena fraktur patologi.
Penyebab utama osteomalasia yang terjadi setelah masa anak-anak ialah :

1. Menurunnya penyerapan vitamin D akibat penyakit bilier, penyakit mukosa usus halus proksimal dan penyakit ileum.
2. Peningkatan katabolisme vitamin D akibat obat yang menyebabkan peningkatan kerja enzim-enzim oksidase hati.
3. Gangguan tubulus renalis yang disertai terbuangnya fosfat