Semua pasien yang mempunyai malformasi anorectal dengan komorbiditas yang tidak jelas mengancam hidup akan bertahan. Pada lesi letak tinggi, banyak anak mempunyai masalah pengontrolan fungsi usus dan juga paling banyak menjadi konstipasi. Pada lesi letak rendah, anak pada umumnya mempunyai control usus yang baik, tetapi masih dapat menjadi konstipasi.

Komplikasi operasi yang buruk berkesempatan menjadi kontinensia primer, walaupun akibat ini sulit diukur. Reoperasi penting untuk mengurangi terjadinya kontinensia. Kira-kira 90% anak perempuan dengan fistula vestibulum, 80% anak laki-laki dengan fistula ureterobulbar, 66% anak laki-laki dengan fistula ureteroprostatic, dan hanya 15% anak laki-laki dengan fistula bladder-neck mempunyai pergerakan usus yang baik. 76% anak dengan anus imperforata tanpa fistula mempunyai pergerakan usus yang baik.

Selain itu, komplikasi lain yang dapat muncul yaitu :

    Asidosis hiperkloremia
    Infeksi saluran kemih yang berkepanjangan
    Komplikasi jangka pendek :
    Eversi mukosa anal
    Stenosis (akibat kontraksi jaringan parut dari anastomosis)
    Masalah atau kelambatan yang baerhubungan dengan toilet training
    Inkontinensia (akibat stenosis anal atau impaksi)
    Prolaps mukosa anorektal (menyebabkan inkontinensia dan rembesan persisten)
    Fistula kambuhan (karena tegangan di area pembedahan dan infeksi).