Masa inkubasi dari demam Chikungunya 2-4 hari. Viremia dijumpai kebanyakan dalam 48 jam pertama, dan dapat dijumpai sampai 4 hari pada beberapa pasien. Manifestasi penyakit berlangsung 3-10 hari. Virus ini termasuk self limiting diseases alias hilang dengan sendirinya.

Namun rasa nyeri sendi mungkin masih tertinggal dalam hitungan minggu sampai bulan. Gejala demam Chikungunya mirip dengan demam berdarah dengue yaitu demam tinggi, menggigil, sakit kepala, mual-muntah, sakit perut, nyeri sendi dan otot, serta bintik-bintik merah dikulit terutama badan dan lengan.

Bedanya dengan demam berdarah dengue, pada Chikungunya tidak ada perdarahan hebat, renjatan (syock) maupun kematian. Nyeri sendi ini terutama mengenai sendi lutut, pergelangan kaki serta persendian jari tangan dan kaki. Gejala utama Chikungunya adalah demam tinggi, sakit kepala, punggung, sendi yang hebat, mual, muntah, nyeri mata dan timbulnya rash/ruam kulit.

Ruam kulit berlangsung 2-3 hari, demam berlangsung 2-5 hari dan akan sembuh dalam waktu 1 minggu sejak pasien jatuh sakit. Sakit sendi (arthralgia atau arthritis; sendi tangan dan kaki) sering menjadi keluhan utama pasien.

Keluhan sakit sendi kadang-kadang masih terasa dalam 1 bulan setelah demam hilang. Penyakit ini merupakan penyakit yang bersifat self limiting (sembuh dengan sendirinya) dan tidak brakibat kematian. Peranh dilaporkan terjadi kerusakan sendi yang dikaitkan dengan infeksi Chikungunya.