Kista ini dihubungkan dengan penyakit endometriosis. Dinding kista ini mengandung jaringan seperfi endometrium (selaput lendir rahim) yang tumbuh mengikuti perubahan siklus hormon estrogen dan progesteron. Disebut juga kista coklat, karena cairan kista yang warnanya coklat kehitaman, berasal dari darah yang mengental dan membeku.

Endometriosis adalah kelainan jaringan yang berasal dari selaput lendir rahim pada organ atau jaringan di luar rahim. Jaringan rahim yang menyimpang ini tetap hidup, aktif dan menunjukkan aktivitas seperfi endometrium di dalam rahim. Akibatnya timbul perdarahan abnormal dan kram pada saat haid. Sel endometriosis yang aktif ini akan mengeluarkan darah haid setiap daur haid dan menimbulkan rasa yang amat sakit.