Sianobakteri secara tradisional diklasifikasikan menjadi lima kelompok, berdasar struktur tubuhnya yaitu:
Chroococcales,
Pleurocapsales,
Oscillatoriales,
Nostocales,
Stigonematales
Pengelompokan ini sekarang dipandang tidak tepat dan proses revisi tengah dilakukan dengan bantuan teknik-teknik biologi molekular.