Sebelum dikenalkannya metode molekuler untuk analisis filogenetik, dulu fungi dimasukkan ke dalam kerajaan tumbuhan plantae karena fungi memiliki beberapa kemiripan dengan tumbuhan yaitu tidak dapat berpindah tempat, juga struktur morfologi dan tempat hidupnya juga mirip. Seperti tanaman, kebanyakan fungi juga tumbuh di tanah.

Dalam perkembangannya, fungi dipisahkan dari kerajaan tumbuhan dan mempunyai kerajaan sendiri karena banyak hal yang berbeda.

Fungi bukan autotrof seperti tumbuhan melainkan heterotrof sehingga lebih dekat ke hewan. Usaha menyatukan fungi dengan hewan pada golongan yang sama juga gagal karena fungi mencerna makanannya di luar tubuh (eksternal), tidak seperti hewan yang mencerna secara internal. Selain itu, sel-sel fungi berdinding sel yang tersusun dari kitin, tidak seperti sel hewan.

Beberapa ciri-ciri fungi yang mirip dengan makhluk hidup lain:

• Dengan jenis eukariota lainnya: Sama seperti eukariota, sel fungi memiliki membran inti dengan kromosom yang mengandung DNA. Selain itu, sel fungi juga memiliki beberapa organel sitoplasmik seperti mitokondria, sterol, dan ribosom.
• Dengan hewan: Fungi tidak mempunyai kloroplas dan merupakan organisme heterotrof, memerlukan senyawa organik sebagai sumber energinya.
• Dengan tumbuhan: Fungi mempunyai dinding sel dan vakuola. Fungi bisa bereproduksi secara seksual maupun aseksual, dan seperti grup tanaman basal lainnya 
• (seperti tumbuhan paku dan lumut daun), fungi akan menghasilkan spora. Mirip juga dengan lumut daun dan algae, fungi memiliki nukleus yang haploid