Penyebab pasti terjadinya keguguran, hingga saat ini masih menjadi misteri yang belum terungkap. Namun, sudah berhasil diketahui adanya 3 faktor yang menjadi pemicu terjadinya keguguran, yakni:

    Kelainan pada janin, yang disebabkan kelainan kromosom. Hal ini dikemukakan oleh Gilbert G. Hass Jr, MD, pakar endokrinologi reproduksi dari University of Oklahoma Health Science Center, Amerika Serikat. Kelainan kromosom ini terjadi pada saat proses fertilisasi berlangsung. Akibatnya, hasil pembuahan (embrio) yang terbentuk cacat dan terkena seleksi alam, yakni terbuang dan keluar dalam bentuk keguguran.
    Kelainan pada ibu. Dalam hal ini banyak faktor pemicunya. Misalnya, kelainan pada sistem hormon ibu, kelainan pada sistem kekebalan tubuh (imun), infeksi menahun yang diderita ibu, dan penyakit berat yang diderita ibu, seperti diabetes, hipertensi menahun, dan gangguan pada fungsi ginjal.

    Kelainan pada rahim. Kelainan yang paling sering terjadi adalah adanya mioma (tumor jaringan otot) yang bisa mengganggu pertumbuhan embrio. Kelainan rahim yang lain adalah rahim terlalu lemah, sehingga tidak mampu menahan berat janin yang sedang berkembang. Kehamilan pada rahim seperti ini biasanya hanya mampu bertahan sampai akhir semester pertama saja, dan kemudian janin akan keluar.