1.    Faktor infeksi
a.    Infeksi enteral yaitu infekti saluran pencernaan yang merupakan penyebab utama diare pada anak.
Infeksi enteral ini meliputi :
-    Infeksi bakteri : E coli, salmonella, shigella, vibria cholerae
-    Infeksi virus : entervirus dan adenovirus
-    Infeksi parasit : cacing (ascaris), protozoa (trichomonas hominis), jamur (candida algicans)
b.    Infeksi parenteral yaitu infeksi dibagian tubuh lain di luar alat pencernaan seperti : Tonsilofaringitis (radang tonsil), radang tenggorokan. Keadaan ini terutama terdapat pada bayi dan anak berumur di bawah 2 tahun.

2.    Faktor Malabsorbsi
a.    Malabsorbsi karbohidrat (disakarida, monosakarida)
Pada bayi kepekaan terhadap lactoglobulis dalam susu formula menyebabkan diare. Gejalanya berupa diare berat, tinja berbau sangat asam, sakit di daerah perut.

b.    Malabsorbsi lemak
Dalam makanan terdapat lemak yang disebut trglyserida. Dengan bantuan kelenjar lipase mengubah lemak menjadi micelles yang siap diabsorbsi usus. Jika tidak ada lipase dan terjadi kerusakan mukosa usus, diare dapat terjadi. Gejalanya adalah tinja mengandung lemak.
c.    Metabolisme protein

3.    Faktor makanan
Makanan yang mengakibatkan diare adalah makanan yang tercemar, basi, beracun, mentah (sayuran), dan kurang matang.

4.    Faktor psikologis
Rasa takut, cemas dan tegang, walaupun jarang jika terjadi pada anak dapat menyebabkan diare kronis.