Menurut World Gastroenterology Organisation global guidelines 2005:
• Bakteri: Salmonella, shigella, E-Coli, Yersinia, Campylobacter.
• Virus: Entero virus (Virus echo, Coxechasi dan Poliomyelitis), Adeno virus, Rota virus dan Astrovirus.
• Parasit: cacing (ascaris), protozoa (entamoeba histolytica,giardia lamblia, tricomonas hominis dan jamur (candida albicans)
• Infeksi parental, yaitu infeksi dibagian tubuh lain diluar alat pencernaan, seperti otitis media akut, tonsilopharingitis dan sebagainya. Keadaan ini terutama pada bayi dan anak dibawah 2 tahun.
• Non-infeksi: Alergi makanan : susu dan protein, gangguan metabolik atau malabsorbsi, iritasi langsung pada saluran pencernaan oleh makanan, obat-obatan seperti antibiotic, penyakit usus seperti Colitis ulserative, crohn disease dan enterocolitis, faktor psikologis: rasa takut dan cemas, obstruksi usus.