Kelainan Genetik
Meskipun amat jarang, ketidaksuburan pria dapat disebabkan oleh kelainan genetik seperti cystic fibrosis. Gangguan genetik meliputi kelainan pada kromosom seks, yang terjadi pada sindrom Klinefelter.

Gangguan Hormonal
Gangguan hormonal yang terjadi dapat menghalangi produksi sperma. Untuk merangsang testis menghasilkan sperma, dibutuhkan hormon yang dihasillkan oleh kelenjar ptituari. Bila hormon tersebut tidak ada, atau jumlahnya menurun dalam jumlah yang signifikan maka sudah barang tentu kinerja testis tidak akan sempurna.

Varikokel
Adalah terjadinya pelebaran Pembuluh Darah Vena di sekitar Buah Zakar. Hal ini biasanya terindikasikan dengan adanya benjolan pada bagian atas buah zakar dan biasanya terjadi pada sebelah kiri.

Sumbatan Saluran Sperma
Biasanya disebabkan bawaan lahir karena tidak terbentuknya sebagian saluran sperma. Selain itu infeksi juga dapat menyebabkan terjadinya sumbatan saluran sperma. Infeksi pada saluran reproduksi dapat disebabkan oleh bakteri melalui penyakit menular seksual. Jika memang disebabkan karena infeksi bakteri mungkin akan terjadi sumbatan akibat perlekatan dari saluran reproduksi pria.

Impotensi
Agar bisa tegak, penis memerlukan aliran darah yang cukup. Karena itu penyakit pembuluh darah (misalnya aterosklerosis) bisa menyebabkan impotensi. Impotensi juga bisa terjadi akibat adanya bekuan darah atau akibat pembedahan pembuluh darah yang menyebabkan terganggunya aliran darah arteri ke penis. Kerusakan saraf yang menuju dan meninggalkan penis juga bisa menyebabkan impotensi.

Kebiasaan Merokok
Merokok dapat menambah risiko kemandulan dan disfungsi ereksi pada pria. Nikotin membuat darah mengental sehingga tidak bisa beredar dengan lancar, termasuk di pembuluh darah alat kelamin. Akibatnya, muncul gangguan seksual seperti ejakulasi dini, ereksi tidak sempurna, bahkan impotensi.

Kebiasaan Minum Beralkohol
Alkohol dalam jumlah besar dapat menurunkan kadar hormon testoteron sehingga mengganggu produksi sperma.

Pengaruh Radiasi
Radiasi akan memberikan efek negatif terhadap konsentrasi dan kualitas sperma. Selain itu sperma yang terkena pengaruh radiasi akan memiliki gerakan berenang yang kurang baik yang akan mengurangi kesempatan untuk pembuahan.

Pengaruh Obat
Beberapa jenis obat bisa mempengaruhi tingkat kesuburan. Obat-obatan seperti antibiotika, pereda rasa sakit, obat penenang, dan obat hormonal dapat menurunkan tingkat kesuburan pria.