Berdasarkan Faktor Geologisnya
Berdasarkan (faktor geologi, jenis flora di Indonesia dapat dibedakan sebagai berikut.
1) Flora di daerah Paparan Sunda
a) Flora di Sumatra
(1) Flora endemik, contoh bunga RafIlesia arnoldi.
(2) Flora di pantai timur, tardiri dari mangrove dan rawa gambut.
(3) Flora di pantai barat, rawat gambut, hutan rawa air tawar dan rotan

b) Flora di Kalimantan
1) Flora di Kalimantan ada kesamaan dengan flora yang ada di Sumatra. yaitu hutan tropis, hutan gambut, dan hutan mangrove.

2) Flora di Daninh Paparan Sahul
Flora di daerah . terdiri dari hutan tropis, sagu, nipah, dan mangrove.

3) Flora di Daerah Peralihan.
Flora di Sulawesi ada sekitar 4.222 jenis dan berkerabat dekat dengan wilayah lain yang relatif kering seperti di Filipina, Maluku, Nusa Tenggara, dan jawa. Daerah Sulawesi terdiri dari hutan hujan tropis sedangkan di daerah pantai terdiri dari tumbuhan mangrove, nipah dan sebagainya