Amenorea sekunder adalah tidak haid lebih dari 6 bulan setelah kejadian haid sebelumnya. Hal ini disebabkan oleh anatomik (jaringan parut endometrium oleh karena infeksi atau kuretase) dan yang paling sering disebabkan oleh anovulasi. Anovulasi ini disebabkan karena kegagalan ovarium dalam mensekresi estrogen dan progesteron berhubungan dengan banyak penyebab. Penyebab paling sering dari amenorea sekunder wanita pre-menopause adalah kehamilan dan diagnosis ini harus ditegakkan sebelum mencari penyebab lebih lanjut. Pada wanita dengan estrogen berlebihan yang sering disebabkan oleh sindroma ovarium polikistik (SOP). Pada wanita dengan estrogen yang rendah,

kelainan hipotalamik (termasuk stress emosional, penyakit kambuhan, latihan fisik berlebihan atau perubahan berat badan) merupakan penyebab paling sering. Adenoma pituitari yang mengsekresi non prolaktin dapat juga mengakibatkan defisiensi gonadotropin dan amenorea. Pada wanita dengan penyakit autoimmune (diabetes mellitus tipe I, thyroiditis hashimoto atau penyakit Addison), kegagalan ovarium prematur perlu dipertimbangkan. Kegagalan ovarium prematur didiefinisikan sebagai amenorea sekunder, hypoestrogenemia, dan peningkatan gonadotropin sebelum umur 40 tahun. Kadar prolaktin meningkat pada 10-20% wanita dengan amenorea sekunder sehingga diperlukan pemeriksaan serum prolaktin pada semua kasus amenorea.