Patogen adalah agen biologis yang menyebabkan penyakit pada inangnya.Sebutan lain dari patogen adalah mikroorganisme parasit.
Umumnya istilah ini diberikan untuk agen yang mengacaukan fisiologi normal hewan atau tumbuhan multiselular. Namun, patogen dapat pula menginfeksi organisme uniselular dari semua kerajaan biologi