Kontra indikasi pemberian imunisasi
Kontra indikasi dalam pemberian ada 3, yaitu:
Analvilaksis atau reaksi hipersensitiva (reaksi tubuh yang terlalu sensitif) yang hebat merupakan kontraindikasi mutlak terhadap dosis vaksin berikutnya. Riwayat kejang demam dan panas lebih dari 380C merupakan kontraindikasi pemberian DPT atau HB1 dan campak.
Jangan berikan vaksin BCG kepada bayi yang menunjukkan tanda-tanda dan gejala AIDS, sedangkan vaksin yang lainnya sebaiknya diberikan.
Jika orang tua sangat berkeberatan terhadap pemberian imunisasi kepada bayi yang sakit, lebih baik jangan diberikan vaksin, tetapi mintalah ibu kembali lagi ketika bayi sudah sehat.

Penanganan bagi bayi yang mengalami kondisi sakit, sebaiknya tetap diberikan imunisasi:
Pada bayi yang mengalami alergi atau asma imunisasi masih bisa diberikan. Kecuali jika alergi pada komponen khusus dari vaksin yang diberikan.
Sakit ringan seperti infeksi saluran pernafasan atau diare dengan suhu dibawah 38,50C.
Riwayat keluarga tentang peristiwa yang membahayakan setelah imunisasi. Riwayat yang belum tentu benar ini membuat keengganan bagi ibu untuk memberikan imunisasi pada anaknya, akan tetapi hal ini bukan masalah besar, jadi imunisasi masih tetap diberikan.
Pengobatan antibiotik, masih biasa diberikan bersamaan dengan pemberian munisasi.
Dugaan infeksi HIV atau positif terinfeksi HIV dengan tidak menunjukkan tanda-tanda dan gejala AIDS, jika menunjukkan tanda-tanda dan gejala AIDS kecuali imunisasi BCG, imunisasi yang lain tetap berlaku.

Anak diberi ASI, bukan masalah pemberian ASi jika disertai pemberian imunisasi.
Pemberian imunisasi juga dapat dilakukan pada bayi yang sakit kronis, seperti penyakit jantung kronis, paru-paru, ginjal atau liver.
Pada penderita down’s syndrome atau pada anak dengan kondisi saraf yang stabil seperti kelumpuhan otak yang disebabkan karena luka, imunisasi boleh saja diberikan.
Bayi yang lahir sebelum waktunya (prematur) atau berat bayi saat lahir rendah.
Sebelum atau pasca operasi.
Kurang gizi.
Riwayat sakit kuning pada kelahiran.