Minyak kayu putih dapat digunakan sebagai obat minum. Untuk obat minum, 1-10 tetes minyak kayu putih murni dicampur dengan sebutir gula batu (sekitar 4 gram), dan dilarutkan dalam segelas air minum untuk mengobati pilek, infeksi tenggorokan dan cacing usus. Campuran ini juga dapat digunakan untuk mengobati kolera, kolik dan sebagai obat kumur untuk infeksi rongga mulut. Bila digunakan sebagai obat minum harus dilarutkan terlebih dulu dan memperhatikan takarannya. Minyak kayu putih bila diminum terlalu banyak dapat menyebabkan peningkatan denyut nadi dan pengeluaran keringat yang berlebihan. Minyak kayu putih sebaiknya tidak digunakan pada saat hamil.