Penyebab keguguran sebagian besar tidak diketahui secara pasti, tetapi beberapa faktor yang berpengaruh adalah :
a. Faktor pertumbuhan hasil konsepsi, kelainan pertumbuhan hasil konsepsi dapat menimbulkan kematian janin dan cacat bawaan yang menyebabkan hasil konsepsi dikeluarkan, gangguan pertumbuhan hasil konsepsi dapat terjadi karena :

    Faktor kromosom terjadi sejak semula pertemuan kromosom, termasuk kromosom seks
    Faktor lingkungan endometrium terjadi karena endometrium belum siap untuk menerima implantasi hasil konsepsi.selain itu juga karena gizi ibu yang kurang karena anemia atau terlalu pendeknya jarak kehamilan.
    Pengaruh luar

    Infeksi endometrium
    Hasil konsepsi yang dipengaruhi oleh obat dan radiasi
    Faktor psikologis
    Kebiasaan ibu (merokok, alcohol, kecanduan obat)


b. Kelainan plasenta

        Infeksi pada plasenta
        Gangguan pembuluh darah
        Hipertensi

c. Penyakit ibu

        Penyakit infeksi seperti tifus abdominalis, malaria, pneumonia dan sifilis
        Anemia
        Penyakit menahun seperti hipertensi, penyakit ginjal, penyakit hati, DM
        Kelainan rahim