Penyebab orang keracunan jengkol adalah adanya asam jengkol yang ada pada biji jengkol. Asam jengkol sulit larut dalam air sehingga akan membentuk kristal pada saluran kencing. Tidak semua orang yang memakan jengkol bisa keracunan.

Keracunan Bisa timbul tergantung jumlah biji jengkol yang dimakan, cara menyajikannya atau memasaknya walaupun pendapat para ahli itu tidak mutlak. Yang paling utama penyebab keracunan adalah kerentanan seseorang terhadap asam jengkol. Keluhan keracunan jengkol mulai muncul dalam waktu 5 – 12 jam setelah mengkonsumsi biji jengkol. Keracunan jengkol paling cepat terjadi 2 jam setelah makan jengkol dan yang paling lama reaksi keracunan muncul setelah 36 jam setelah memakan biji jengkol.